一、功能上的共性
倉儲管理系統、ERP、進銷存軟件都包含倉庫管理模塊，這是這三個軟件的最大共性。
倉儲管理（包括原料、半成品、成品管理）又恰恰是多數企業內部管理中最重要的部分：采購、生產、銷售都是以庫存管理為連接點，庫存也是生產企業的最重要的成本。這也是三大管理軟件讓人產生混淆的原因。
二、功能上的區別
1、ERP：
·支持財務會計的精細化管理。通常起源于財務系統，所以對財務會計有精細化的支持，很多ERP中的財務模塊都經過了國家財務部門的認證。
·產品結構管理（BOM）。ERP參與銷售計劃、采購計劃、生產計劃的管理，BOM就成為物料需求計劃的基礎。
·物料需求計劃（MRP）。由成品銷售計劃，生成原材料的采購計劃和半成品、成品的生產計劃。除了BOM的計算外，還涉及到采購在途、半成品庫存、成品庫存、生產在途、外協在途等所謂“8大量”復雜參與計算。
2、進銷存軟件：
可以理解為減少了BOM和MRP功能的ERP。
BOM和MRP是ERP的精髓，但是在國內多數企業中，物料需求因為企業內部、外部的諸多原因，不能“計算”出來（比如原材料的采購計劃，和供應商的供應周期很大關系，也涉及到企業對外部市場的分析，例如：加大緊俏物質的采購量等），所以BOM和MRP成為“看上去很美”的功能，在很多企業的ERP項目實施中，其實都沒有使用到這個功能，實際上只是一個進銷存系統而已。
3、倉儲管理系統：
和進銷存軟件比較，專業的倉儲管理系統有以下功能變化：
·加入了更多的作業策略管理和精細化作業
具體的說，進銷存軟件是對企業的業務數據進行“事后記錄”，有貨品出入庫時，在進銷存軟件中進行登記和單據打印。而WMS需要在業務實際發生前做出操作指引，比如說上架建議、揀貨策略等等，根據軟件設定的規則做智能化的分析，形成倉管員的最優化的操作指引。軟件的操作記錄，也更能反應實際情況，比如進銷存軟件往往不能支持一種物料入庫時擺放到多個倉儲位的情形，只簡單給一個倉儲位（WMS是在物料入庫前，就自動分析出需要擺放多個倉儲位和具體的、最優化的推薦倉儲位）。
·弱化了價格和財務管理功能
專業的倉儲管理系統往往應用在第三方物流企業，所以物料進倉時不必關注采購價格，而是關注倉租費等物流費用的計算，所以WMS弱化了價格和財務管理。當然wms也會應用到制造企業。因為價格和財務管理在很多制造企業中是獨立運作的，加上財務管理本身的規范性和財務軟件的標準化，所以很多中型的制造企業采用的是“倉庫管理軟件+財務管理軟件“的模式進行管理。
·增加了“計費引擎”模塊
倉儲管理系統增加了獨有的“計費引擎”模塊，為物流計費提供支持。物流行業的計費規則往往非常復雜，比如倉儲企業的倉租費用就包括：包倉、重量、托盤數、體積、物料屬性、入庫時間、期間天數等多個條件的排列組合，同時在加打折、分級價格等等因素，計費引擎的技術含量不亞于ERP系統的MRP計算。在制造企業中，計費引擎也可以幫助企業進行成本分析，計算倉庫的使用成本。
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